社伝によると、日本神話に登場する神でもある八重事代主神(ヤエコトシロヌシ)が五色の石を持って現在の石津神社の場所に降臨したとされておりそこから石津の名前が完成したと言われています。
孝昭天皇7年8月10日、天皇の祈願により創建されました。
八重事代主神(ヤエコトシロヌシ)がたずさえた石は神社の前に埋められており、地面の変動等があるときには地面から浮き上がると伝えられています。